Ранее функции по контролю и надзору в сфере транспорта и дорожной деятельности выполняло министерство промышленности, транспорта и связи, а после реорганизации эту деятельность осуществляло министерство промышленности и торговли Архангельской области.
До 1 сентября 2012 года должны быть утверждены положение об агентстве и внутренняя структура вновь созданного органа исполнительной власти.