11 ноября 1991 года глава администрации Архангельской области Павел Балакшин издал постановление N 12, согласно которому главой городской администрации — мэром города Архангельска был назначен Анатолий Бронников. Ранее Бронников работал председателем Исакогорского райсовета, заместителем председателя Архангельского горсовета. В период своего мэрства он осуществил ’нарезку’ Архангельска на восемь округов вместо четырех районов: Октябрьского и Соломбальского, Ломоносовского и Исакогорского. Через два года Анатолий Аверьянович ушел в администрацию области на должность помощника главы, а оттуда в 1996 году — в Управление федерального казначейства по Архангельской области, где до сих пор работает заместителем руководителя.
На его место пришел Валентин Власов. Однако он занимал пост мэра недолго — меньше года. Он тоже ушел в областную администрацию — сначала заместителем председателя правительства области, затем какое-то время исполнял обязанности главы администрации. С 10 ноября 2002 года по 2 марта 2006 был Чрезвычайным и Полномочным Послом Российской Федерации в Республике Мальта. С 2006 года по 30 июля 2012 года являлся Чрезвычайным и Полномочным Послом Российской Федерации в Киргизии.
В 1994 году обязанности мэра временно исполнял Владимир Котлов, затем до декабря 1996 года главой исполнительной власти являлся Владимир Герасимов. Он проработал на этом посту до первых всеобщих выборов градоначальника. После его пригласили в Карелию на пост заместителя одного из предприятий бумажной промышленности, и он уехал из области.
А первым всенародно избранным мэром Архангельска в 1996 году стал Павел Балакшин. Он оставался на этом посту до 2000 года. С 1 сентября 2001г. — по 2007г. — директор института повышения квалификации и переподготовки кадров АГТУ. В данный момент общественный представитель губернатора в муниципальном образовании «Город Архангельск».
28 апреля 2011 года, Павлу Николаевичу было присвоено звание «Почётный гражданин Архангельска». Знаки отличия и соответствующие документы, были вручены в торжественной обстановке, в ходе празднования Дня города. На Доске почета, где написаны имена всех почётных граждан города, установят памятную табличку с его именем.
На выборах в декабре 2000 года мэром был избран Олег Нилов.
С марта 2005 года по февраль 2008 года исполнительную власть Архангельска возглавлял Александр Донской. В конце октября 2006 года Донской публично сообщил о своих планах выдвижения на пост Президента России. В отношении его были проведены проверочные мероприятия и выявлен явный криминал в деятельности. В отношении Донского были возбуждены уголовные дела и он был по решению суда арестован.
8 июня 2008 года на должность главы муниципального образования «город Архангельск» был выбран Виктор Павленко. В 2012г. был переизбран на второй срок.