При этом Парк является резерватом для расселения охотничьих животных на смежную территорию Каргопольского и Плесецкого районов Архангельской области, а также территорию Карелии. Такой вывод сделали ученые Кенозерского национального парка, проанализировав динамику изменения численности диких животных на его территории за последние 20 лет.
Численность самого распространенного на территории Кенозерского национального парка животного, белки, подвержена резким колебаниям с цикличностью примерно в 4-5 лет. За двадцать лет наблюдений на территории Парка наибольшая численность белки была зафиксирована в 2001 году — 5819 животных, наименьшая — в 2012 году (218), средняя же численность за последние 20 лет составила 1058 особей.
Число куниц не подвержено таким резким колебаниям — эти животные практически не страдают от отсутствия корма и наличия врагов. Максимальная численность куницы на территории Кенозерского национального парка была зарегистрирована в 2009 году — 209 особей, минимальная — в 2007 году (36 животных), средняя за 20 лет составила 78 особей.
А вот численность зайца-беляка также может резко колебаться. Эти животные чувствительны к эпизоотиям, имеют много врагов в природе, а молодняк часто гибнет от плохих погодных условий (затяжные холодные дожди и снег весной и осенью). Однако популяция зайца быстро восстанавливается. Максимальная численность зайца-беляка в Парке зарегистрирована в 2003 году — 940 особей, средняя же за 20 лет составляет 464 особей.
Лис на территории Кенозерского национального парка относительно немного. Максимальное количество этих животных было замечено в 2003 году — 101, средний показатель за 20 лет — 43 особи.
Больше всего лосей насчитали на территории Парка в 1998 году — 182, минимальная же их численность зарегистрирована в 2007 году — 31. Однако судя по систематическим наблюдениям и проведению экспертной оценки реальная численность лосей больше в 3–5 раз.
Что же касается бобров, то еще 20 лет назад их на территории Кенозерского национального парка почти не было. Сказалась неконтролируемая добыча этих животных в 90-е годы. Но когда цены на шкуры бобра упали и охотники перестали заниматься его добычей, количество бобров стало вновь увеличиваться. Животные расселились по рекам Воя, Лекшма, через озеро Монастырское и речку Челма попали в Лекшмозеро, озеро Масельгское и стали распространяться по всем речкам и ручьям Кенозерского национального парка. Сегодня особо высокая их численность наблюдается по ручью Середскому и речке Лазима.
Кабан, исторически не заселявший эту территорию, проник в Кенозерье в 60-е годы XX века в процессе естественного расширения ареала. Каргопольская популяция этого животного является сегодня самой многочисленной в области. На территории Кенозерского национального парка численность кабана не является постоянной и варьирует от 5 до 45 особей, в зависимости от сезонной миграции. В многоснежные зимы кабан мигрирует на запад в республику Карелию.
В целом флора Парка насчитывает 638 видов растений, из которых 25 относятся к категории редких и исчезающих. Фауна же представлена 263 видами птиц из 17 отрядов, 50 видами млекопитающих из 6 отрядов, 5 видами земноводных, 4 видами пресмыкающиеся и 27 видами рыб из 8 отрядов. Некоторые животные, обитающие на территории парка, занесены в Красную книгу Международного союза охраны природы (МСОП): из высших сосудистых растений — венерин башмачок настоящий, из фауны — жемчужница (моллюски), бокоплав панцирный (ракообразные), из птиц — орлан-белохвост и большой подорлик.