Родился 9 июня 1853 года в Архангельске в семье преподавателя сельского хозяйства и естественной истории Архангельской духовной семинарии Михаила Сибирцева, учителя и друга Иоанна Кронштадтского. Окончил историческое отделение Санкт-Петербургской духовной академии в 1877 г. Преподавал латинский, греческий и немецкий языки в Архангельской духовной семинарии, историю — в женском епархиальном училище. С 1902 г. целиком занимался наукой, был председателем Архангельского церковного археологического комитета, редактировал журнал «Архангельские епархиальные ведомости».
Большой науке Сибирцев известен тем, что подготовил к изданию и опубликовал ценнейшие документы — двинские грамоты (совместно с академиком А. А. Шахматовым), а также «Акты Лодомской церкви» XVI-XVIII веков, написал более 20 научных трудов, в которых главное внимание уделил истории и культуре Русского Севера, в частности, Архангельска и Холмогор. Бесценным для историков не только Севера, но и страны является коллективный труд сподвижников Сибирцева, подготовленный на базе собраний древлехранилища — краткое историческое описание приходов, церквей и монастырей Архангельской епархии.
Большой знаток истории и культуры Севера, патриот своей земли, он ратовал за сохранение и бережное отношение к памятникам культуры. В 1929 г. написал во властные структуры письмо о предотвращении сноса архитектурного памятника XVIII века — Свято-Троицкого кафедрального собора в Архангельске.
После ликвидации церковно-археологического комитета в 1921 г. И. М. Сибирцев был принят сотрудником Дома книги имени М. В. Ломоносова по отделу рукописных и старопечатных книг, а вскоре назначен хранителем музея древнерусского искусства и быта, то есть — хранителем того, что им было собрано и изучено. Но уже в июле 1925 г. он написал заявление об освобождении от должности «по преклонности лет, ослаблению зрения и другим неблагоприятным обстоятельствам».
Скончался 6 ноября 1932 г. Похоронен в Архангельске на Ильинском кладбище.
В октябре 1984 г. Банковский переулок в Архангельске был переименован в переулок братьев Сибирцевых (Николая Михайловича — известнейшего почвоведа и Иустина Михайловича). Однако в 1991 г. переулок снова стал Банковским. И вот уже почти 20 лет ученая общественность обращается к городским властям с просьбой об увековечивании в Архангельске имени Сибирцевых. На доме, где жил И.М.Сибирцев, установлена мемориальная доска.
Могила выдающегося архангельского ученого сегодня требует восстановления и ухода. Она находится рядом с Ильинской церковью, но практически незаметна.
В Архангельске в рамках программы мероприятий, посвященной юбилею историка, запланировано торжественное возложение цветов к памятной доске И.М. Сибирцева на доме в переулке Сибирцевых (Банковском) и панихида на могиле историка на Ильинском кладбище. Кроме того, пройдет экскурсия по выставке «Сокровища Архангельского древлехранилища» в Гостином дворе, а также круглый стол, посвященный жизни и научной деятельности нашего земляка.
(Материал историка В.А.Волынской)