С июня 2008 года Владимир Иванович занимал должность первого заместителя секретаря Совета безопасности, до этого он был заместителем директора Федеральной службы безопасности, руководителем аппарата Национального антитеррористического комитета.
Другим Указом Николай Винниченко освобождён от этой должности. Генеральный прокурор Юрий Чайка внёс кандидатуру Винниченко в Совет Федерации для назначения на должность заместителя Генерального прокурора Российской Федерации.